Il nucleo dei dipinti dei Musei carpigiani è costituito da un migliaio di opere di qualità, provenienza e scuola assai differenti.

Sono pezzi databili tra il XIV secolo e il Novecento, al cui interno si annoverano opere su tela, su tavola, ma anche su rame, carta, pergamena, ecc.

Le opere troveranno spazio nel percorso dell'appartamento nobile (opere databili tra XV e XVI secolo), alcune altre nel Museo della Città, soprattutto ritratti. La maggior parte di esse avrà invece uno spazio dedicato nel Museo del Palazzo, una vera e propria pinacoteca, che verrà progettata nelle stanze del Vescovo che si affacciano sulla piazza.

Nelle sale saranno esposti, in ordine cronologico, dipinti (accompagnati da sculture e disegni) databili dalla metà del Cinquecento fino all'inizio del Novecento. Si tratta per lo più di opere di scuola emiliana, e a partire dalla seconda metà dell'Ottocento, di scuola modenese e carpigiana di discreta qualità, tra cui spiccano alcuni pezzi di assoluto valore: dalla Vendetta di Progne di Mattia Preti, all'Allegoria del Vizio e della Virtù di Jacopo Palma il Giovane, dall'Annunciazione del ferrarese Scarsellino, al Battesimo di Cristo del 'bolognese' Calvaert, maestro di Guido Reni, fino alle interessanti opere dei carpigiani Girolamo Martinelli, Bonaventura Lamberti e. più tardi, Albano Lugli, Andrea Becchi e Renzo Baraldi.